Dans le cas de la polyactivité, le salarié doit cotiser auprès du régime général et du régime des indépendants. Tant que l'activité principale n'a pas été déterminée, c'est-à-dire tant qu'on ne connaît pas le montant des revenus de l'activité indépendante, les cotisations forfaitaires de début d'activité sont dues (6 505 euros pour 2006). Une régularisation pourra intervenir ensuite. En attendant, c'est l'activité salariée qui est considérée comme principale et le créateur bénéficie, jusqu'à la deuxième année suivant la création, des prestations du régime général.

Si l'activité indépendante devient l'activité principale, une cotisation maladie minimale est calculée sur un plafond déterminé par la Sécurité sociale. Si l'activité reste accessoire, aucune cotisation minimale n'est due et le calcul sera basé sur les revenus de l'activité. Il en va de même pour les cotisations de retraite, le montant de la cotisation minimale étant de 1 606 euros pour 2006.

Le régime fiscal varie selon le statut juridique de la société, le plus souvent entreprise indépendante ou EURL. Dans le cas d'une entreprise indépendante, l'ensemble des rétributions du polyactif est soumis à l'impôt sur le revenu, les revenus de l'activité indépendante étant taxés comme bénéfices non commerciaux. S'il a opté pour l'EURL, il pourra choisir de soumettre les résultats de sa structure à l'impôt sur les sociétés.