Le régime " micro-entreprise " présente un réel avantage pour les activités à forte valeur ajoutée, nécessitant peu d’investissements et pour lesquelles la non-récupération de la TVA ne présente pas d’inconvénient. Toutefois, le régime micro peut apparaître dans certaines situations peu adapté. En effet, l’entrepreneur ne facturant pas de TVA, il ne déduit pas non plus la TVA acquittée sur ses propres achats ou investissements professionnels réalisés pour les besoins de son activité. L’intéressé ne bénéficie pas non plus du crédit de départ au titre des stocks et immobilisations prévu à l’article 226 annexe II au Code général des impôts.

Par ailleurs, l'abattement forfaitaire pour frais est réputé couvrir l'intégralité des charges supportées par l'exploitant (charges financières, cotisations sociales, frais généraux divers). Il est également réputé prendre en compte l'amortissement linéaire des biens faisant partie du patrimoine professionnel. Or, dans certains cas, cet abattement forfaitaire global pénalise les entrepreneurs qui auraient réalisé des investissements lourds, notamment pour l’achat de locaux professionnels. En effet, dans cette hypothèse l’amortissement réel des biens affectés à l’exercice de l’activité professionnelle peut être supérieur à l’abattement forfaitaire pratiqué.